История отдела начинается с 21 сентября 1992 года. Численность отряда на тот момент составляла 10 человек. В 1999 году отряд претерпел дополнительную реорганизацию и был преобразован в отдел специального назначения, расширились штаты, значительно повысились требования по отбору сотрудников и готовности к выполнению задач, личный состав аттестовался на офицерские должности.